ในฐานะมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี ได้จัดโครงสร้างองค์กรและระบบบริหาร ที่ยึดหลักการกระจายอำนาจ ที่มีลักษณะของการปกครองตนเอง โดยให้การตัดสินใจ วินิจฉัย สั่งการ สิ้นสุดในระดับสภามหาวิทยาลัย ซึ่งเป็นองค์กรบริหารสูงสุดของมหาวิทยาลัย ทั้งนี้เพื่อให้มีความคล่องตัว และมีประสิทธิภาพในการดำเนินงานสูง ในรูปแบบการบริหารในแนวราบ มีการจัดแบ่งส่วนงานที่ชัดเจน ไม่สลับซ้ำซ้อน และวางโครงสร้างการจัดองค์กรวิชาการแบบกลุ่มสหวิทยาการ ที่เอื้อให้มหาวิทยาลัยประยุกต์ใช้นวัตกรรมเชิงบริหารและนวัตกรรมทางการศึกษาได้อย่างมีประสิทธิภาพและมีประสิทธิผล โดยกลไกการกำหนดนโยบาย การวางแผนการควบคุม การติดตามและประเมินผล รวมทั้งการส่งเสริมสนับสนุนกิจการของมหาวิทยาลัย ประกอบด้วยองค์กรสำคัญ ดังนี้ 

• สภามหาวิทยาลัย
• คณะกรรมการประจำสภามหาวิทยาลัย
• สภาวิชาการ
• สำนักงานอธิการบดี
• สำนักวิชา
• สถาบัน – ศูนย์
• หน่วยงานวิสาหกิจ